- La direction de Gaston Darboux (1919-1921)
Pour remplacer Jourdan, la nouvelle Faculté des Sciences construite dans le quartier Saint-Charles, désigne le professeur de Zoologie Gaston Darboux, qui travaille déjà épisodiquement à Endoume. 
Darboux multiplie alors les démarches auprès de la municipalité, pour que celle-ci prenne en charge le salaire du gardien-mécanicien.
En 1919, Jules Cotte est nommé sous-directeur du Laboratoire. Ce poste supprimé, on s’en souvient, en 1908, est momentanément rétabli, mais pour peu de temps. Il disparaît bientôt à nouveau.
- La remise en état du Laboratoire Marion
En 1920, le laboratoire Marion est remis en état, par la ville de Marseille et en particulier l’électricité est enfin installée. Avec l’électrification du lieu, le vieux moteur à gaz, a été remplacé par une motopompe électrique, pour acheminer l’eau de mer, et pour s’en occuper, ainsi que des aquariums, un nouveau mécanicien logé sur place a été embauché.
Mais l’établissement l’a échappé belle. En effet à l’automne de la même année, l’existence du site, a été menacé par une tentative de changement d’affectation du terrain de la Batterie des Lions au profit du sous-secrétariat des Ports, de la Marine Marchande, et des Pêches, qui voulait y installer l’Ecole de Navigation maritime. Il faut à ce moment-là l’intervention directe du ministre de l’Instruction Publique, pour régler l’affaire.
Pourtant, après la remise en état effectuée avec la participation de la municipalité, les relations avec la Mairie de Marseille, semblent, au cours de cette période, se dégrader. Cette dernière se montre de plus en plus réticente à assumer sa part de l’entretien du laboratoire, et de l’Aquarium, ce qui aboutit finalement à la suppression du salaire du pêcheur en avril 1921. Dans ces conditions, le site d’Endoume, doit se passer d’un pêcheur permanent durant un certain temps, n’ayant pas les moyens d’en entretenir un à plein temps. Cela n’a évidemment pas facilité les activités de recherche de ceux qui travaillent sur place.
- La direction d’Albert Vayssière (1921-1924)
Après le décès de Gaston Darboux en 1921, la Faculté choisit pour lui succéder à la direction du Laboratoire Marion l’un de ses plus anciens professeurs, Albert Vayssière, 
dont on a vu qu’il a été en partie formé par Marion, et spécialisé dans l’étude des Mollusques Opisthobranches.
Finalement après trois ans à la direction, Albert Vayssière prend sa retraite en 1924. En ce qui concerne le laps de temps somme toute assez court (trois ans), de son exercice, on ne dispose pas de suffisamment d’éléments d’information pour évoquer plus en profondeur la vie propre du laboratoire, ou pour tirer un bilan. On a néanmoins l’impression qu’il végète et qu’il n’est plus que l’ombre du laboratoire qu’avait voulu Marion.
- La direction de Maximilien Kollman (1925-1948)
Pour remplacer Albert Vayssière, la Faculté choisit le professeur de Zoologie Maximilien Kollmann, en mai 1925. C’est au cours de la période que l’on envisage alors sérieusement de procéder à une remise en état du Laboratoire Marion dans son ensemble.
C’est aussi à ce moment-là, semble-t-il, qu’un pêcheur est de nouveau recruté à plein temps pour les besoins de ceux qui travaillent sur place. Ce qui permet de reprendre à peu près normalement les prélèvements nécessaires aux travaux de recherche.
L’Aquarium, qui avait péniblement été remis en état, se dégrade lentement, et finalement ferme ses portes. Le conseil de la Faculté, a bien tenté de le relancer en 1935, en adoptant un projet de rénovation. Mais celui-ci est resté en attente pendant pratiquement deux ans, avant qu’une décision ferme soit prise.
Le 1er avril 1935, un nouveau gardien-pêcheur a été recruté, Jean Laggi, ce qui peut laisser supposer que la situation n’est pas irrémédiablement compromise. La même année, des travaux pratiques de Cartographie, de Géologie, et d’Océanographie se mettent en place au laboratoire Marion dans le cadre des enseignements de la Faculté des Sciences de Marseille. Cela représente une étape supplémentaire dans la vie du Centre.
En effet, alors que jusque-là, les travaux effectués sur place portaient principalement sur la Zoologie marine, on assiste à une spécialisation des domaines de recherche, en même temps qu’à un élargissement des thèmes abordés. Le professeur de Géologie Georges Corroy qui travaille sur place, a par exemple installé un service de cartographie marine au deuxième étage du bâtiment.
- La villa Nord-Cap: Une première tentative d’expropriation
On commence aussi à envisager plus sérieusement l’agrandissement du laboratoire. Dans cette perspective, la Mairie commence à prospecter autour du bâtiment, pour trouver des locaux déjà construits. Son choix se fixe sur une villa assez vaste, et qui se trouve à proximité du laboratoire.
Cette villa appelée « Nord-Cap » et la parcelle sur laquelle elle est construite, d’une superficie de 1560 mètres carrés, appartenant à une certaine Lambert, est située dans le quartier d’Endoume au 27, rue de la Douane, à la Batterie des Lions, donc jouxtant le laboratoire Marion. C’est ainsi que le 8 août 1935, un décret-loi est adopté en vue de l’expropriation pour cause d’utilité publique de cette villa, qui doit servir aux membres du laboratoire. En fait, cette opération d’expropriation et de mise à disposition de la villa à la Station marine d’Endoume, va durer plus de dix ans.
En janvier 1937, le directeur de l’Office scientifique et technique des pêches maritimes, Edouard Le Danois, fait une demande auprès de la Faculté des Sciences de Marseille, concernant l’occupation éventuelle de certaines salles du Laboratoire Marion, par le service régional du contrôle sanitaire des pêches.
A cette demande le doyen de la Faculté, P. Marchaud, répond par la négative, en avançant comme principal argument, l’exiguïté des locaux déjà assez lourdement ressentie par les membres du laboratoire.
- La convention entre la Faculté des Sciences de Marseille, et l’O.S.T.P.M.
Après la réponse négative du Doyen de la Faculté à sa demande, le directeur de l’Office propose alors d’agrandir le bâtiment existant. Cette possibilité est discutée lors d’une réunion organisée à Endoume. Il en ressort un accord de principe qui stipule que les nouveaux locaux construits appartiendront à la Faculté des Sciences de Marseille, et que celle-ci les louera à l’Office en échange d’un franc symbolique.
- La réfection de l’Aquarium et du laboratoire
Dans la perspective de cette convention et des projets de constructions nouvelles (ou d’agrandissement: villa « Nord-Cap »), la Faculté, sous la houlette de M. Marchaud, le Doyen, a commencé à réaménager le Laboratoire Marion, l’année précédente. La Faculté entreprend aussi la réfection de l’Aquarium. Une première inauguration a lieu en mai 1937, en présence du maire de la ville H. Tasso.
Alors que l’affaire concernant l’extension des locaux du laboratoire Marion, avance tant bien que mal, le 2 février 1938, le nouveau Doyen de la Faculté des Sciences de Marseille, le professeur Georges Corroy, apprend que la Marine Marchande, a de nouveau entrepris des démarches auprès de l’administration des domaines, pour obtenir l’autorisation d’occuper les locaux existants d’Endoume, 18 ans après une première tentative.
En outre l’Office Scientifique et Technique des Pêches Maritimes se fait de plus en plus pressant, en avançant l’hypothèse d’une copropriété. A cette situation, le Doyen, décide de mettre un terme, et s’en explique dans une note parue le 12 février 1938, où il arrive à cette conclusion: « La Faculté préfère éviter une « collaboration » aussi dangereuse; elle entend être et rester maîtresse chez elle.
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